Základními složkami znečištění odpadních vod ze zpracování masa a masných výrob jsou bílkoviny a tuky. Složení odpadních vod bude záviset na druhu výrob, kde se odlišují zejména proudy odpadních vod:
a) ze "studených" provozů (porážka, bourání, balení apod.)
b) z "teplých" provozů, tj. z masných výrob, zejména výroba uzenin apod.
V případě a) bude dominovat znečištění bílkovinného charakteru, zejména krev, kousky masa, kůží a chrupavek.
V případě b) lze očekávat zvýšený obsah tuků, které jsou vzhledem k vyšší teplotě odpadní vody poměrně dobře emulgované a není možné je účinně odstranit mechanicky.
Základním technickým doporučením při čištění je zásada "segregace" odlišných proudů a jejich samostatné předčištění.
U odpadních vod typu:
a) je nutno klást důraz na dokonalé cezení odpadní vody, tj. na zachycení i menších partikulí. Důležité je rovněž zabránit většímu průniku krve do odpadní vody vzhledem k její horší biologické čistitelnosti.
b) vzniká riziko průniku tuků do aktivace, je vhodné přistoupit k rozražení tukových emulzí dávkováním minerálních koagulantů a následnou separací tuku např. tlakovou flotací. Pokud je problém s odbytem takto zachyceného tuku (např. v nejbližší kafilérii), používá se k jeho likvidaci samostatná aerační nádrž, kde jsou tuky činností heterotrofních baktérií oxidovány až na oxid uhličitý a vodu.
Předčištěné odpadní vody jsou pak čištěny v nízkozatěžované aktivaci s nitrifikací a denitrifikací. Je nutno dbát na vyvážení odpadní vody nutrientem fosfor.
Tuky pronikající do aktivačního procesu způsobují problémy při přestupu kyslíku ze vzduchu do vloček aktivovaného kalu, a to především zvyšováním difúzního odporu na povrchu vločky v důsledku tvorby tukového filmu. Biologická degradace tuků je za těchto podmínek pomalá a dochází k pomalému uvolňování produktů rozkladu tuků, tj. mastných kyselin, do prostoru mezi vločkami, kde podporují růst vláknitých baktérií. Tyto vláknité baktérie způsobují sedimentační problém zvaný "bytnění aktivovaného kalu" (activated sludge bulking), kdy se zvyšuje specifický objem usazeného kalu v dosazovací nádrží postupně tak, až dojde k jejímu kolapsu. V některých případech vyrůstají na mastných kyselinách specifické typy vláknitých mikroorganismů (Nostocoida lymicolla, Microtrix parvicella, Nocardioformní aktynomycéty), které jsou iniciátorem tvorby biologických pěn.
S ohledem na požadovanou nitrifikaci je nutné tyto aktivační systémy provozovat při vyšších hodnotách stáří kalu, které ovšem při špatné separovatelnosti aktivovaného kalu nelze dosahovat.
Pro usnadnění provozu a čištění odpadních vod v masném průmyslu jsou vhodné dva přípravky SANBIEN: